Действие игры «Призрак Ётэя» происходит через 300 лет после получившей признание критиков игры «Призрак Цусимы» и представляет собой отдельную историю, действие которой разворачивается в сельской Японии 1600-х годов. В центре сюжета — одинокая наемница по имени Ацу, которую преследуют призраки. Жажда мести ведет ее через прекрасные суровые пейзажи северной Японии, где она охотится на тех, кто много лет назад убил ее семью.
Спустя шестнадцать лет после смерти её семьи Ацу отправляется в путешествие по Эзо в поисках банды из шести преступников, но находит нечто большее, чем месть.
На протяжении своего путешествия Ацу встретит неожиданных союзников и завяжет более крепкие узы, чем могла себе представить.